La gouvernance de Medicen Paris Region s’organise dans le cadre d’une association régie par la loi du 1er juillet 1901.

Elle associe une représentation majoritaire des entreprises, répartie de façon paritaire entre grands industriels et jeunes entreprises, à celle des universités, organismes de recherche et des hôpitaux,  et des collectivités territoriales (Région et départements).

Cette gouvernance contribue fortement à améliorer la dynamique de coopération entre tous les acteurs.

Elle porte ses efforts sur la stratégie du pôle, l’examen et la sélection des projets de R&D en vue de leur labellisation, le développement de collaborations structurantes  et l’animation du pôle, en coordination avec les structures déjà existantes.

L’association est composée de membres ordinaires et de membres d’honneur, personnalités qualifiées nommées par le Conseil d’administration mais qui ne participent pas aux votes des instances délibératives de l’association.

Les membres ordinaires, personnes morales et publiques, sont répartis en quatre collèges :

• le collège « PME/JEI » qui regroupe PME et Jeunes Entreprises Innovantes,
• le collège « Grandes entreprises »,
• le collège « Recherche », qui regroupe les organismes de recherche, les établissements hospitaliers des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et les organismes de valorisation de la recherche  (aide à la création et au développement d’entreprises),
• le collège « Collectivités » (les collectivités territoriales et leurs organismes associés compétents en matière de développement économique).